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Le suivi de la qualité des eaux s’effectue par la collecte des données physico-chimiques et biologiques issues de différents réseaux de mesure : Réseau National de Bassin (RNB), réseaux départementaux gérés en partenariat avec l’Agence de l’eau Loire-Bretagne et les conseils généraux des départements du Cher, de l’Eure-et-Loir, de l’Indre-et-Loire, du Loir-et-Cher et du Loiret. Ces réseaux rassemblent 212 stations de mesure.
L’ensemble de ces données qualitatives ont alimenté la réflexion pour l’établissement de l’état des lieux de la Directive Cadre Européenne sur l’Eau (DCE). Ces données, portant sur la qualité des eaux des cours d’eau, sont utilisées pour définir les actions à entreprendre pour atteindre le bon état en 2015 ; elles sont aussi utilisées pour l’instruction des dossiers (ICPE) et loi sur l’eau.
De nouveaux réseaux de suivi de la qualité des eaux ont été mis en place pour répondre aux exigences de la DCE.
La Directive Cadre Européenne sur l’Eau distingue deux catégories de réseaux de suivi de l’état des milieux :
le réseau de référence : son objectif est d’acquérir les données nécessaires à la définition de l’état de référence qui permettra d’évaluer l’atteinte du bon état. L’acquisition des données sur 16 sites en région Centre a débuté en 2005.
Le programme de surveillance : comprend le réseau de contrôle de surveillance qui a été mis en place début 2007 afin de déterminer l’état écologique et l’état chimique des eaux de surface. Ce réseau de contrôle de surveillance prend en compte les réseaux existants (RNB, RHP, RD) en les complétant par de nouvelles stations plus particulièrement sur les petits cours d’eau, actuellement sous représentés. Les contrôles de surveillance pour les cours d’eau s’effectue sur 92 stations en région Centre.